修改后,输入图像可以是任何大小要求jpg格式,如果不是要修改resize文件,需要基于keras(这个很好装的),图像放入指定文件,然后运行就可以了,输出在test里面,输出图像改为输出血管结果图像,且只能应用于测试,亲测对一般眼底图像数据库分割效果都很好。有问题或不能运行戳我。
代码片段和文件信息
属性 大小 日期 时间 名称
----------- --------- ---------- ----- ----
文件 50 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change.gitignore
文件 56770 2017-10-13 17:54 retina-unet-master-changelib1013.docx
文件 18884 2017-10-13 15:58 retina-unet-master-changelibextract_patches.py
文件 3344 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-changelibhelp_functions.py
文件 3479 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-changelibpre_processing.py
文件 16147 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-changeReadme.md
文件 729790 2017-10-01 02:21 retina-unet-master-changeshenyang estoridata 1.jpg
文件 729790 2017-10-01 02:21 retina-unet-master-changeshenyang estoridata1 1.jpg
文件 4588 2017-10-13 14:50 retina-unet-master-changeshenyang estzsy_prepare_datasets_shenyang_0.py
文件 4588 2017-10-13 14:55 retina-unet-master-changeshenyang estzsy_prepare_datasets_shenyang_1.py
文件 2385 2017-10-13 14:17 retina-unet-master-changeshenyang estzsy_resize_0.py
文件 2384 2017-10-13 14:17 retina-unet-master-changeshenyang estzsy_resize_1.py
文件 11109 2017-10-13 17:14 retina-unet-master-changesrc
etinaNN_predict.py
文件 8958 2017-10-13 15:02 retina-unet-master-changesrc
etinaNN_training.py
文件 379000 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-changeSTARE_resultsim0139.png
文件 329 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change estperformances.txt
文件 8220 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_architecture.json
文件 1918968 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_best_weights.h5
文件 1336 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_configuration.txt
文件 1918968 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_last_weights.h5
文件 102731 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_model.png
文件 1375 2017-10-13 17:48 retina-unet-master-changezsy_configuration.txt
文件 4588 2017-10-13 14:50 retina-unet-master-changezsy_prepare_datasets_shenyang_0.py
文件 4588 2017-10-13 14:55 retina-unet-master-changezsy_prepare_datasets_shenyang_1.py
文件 2385 2017-10-13 14:17 retina-unet-master-changezsy_resize_0.py
文件 2384 2017-10-13 14:17 retina-unet-master-changezsy_resize_1.py
文件 1263 2017-10-13 15:13 retina-unet-master-changezsy_run_testing.py
目录 0 2017-10-19 11:19 retina-unet-master-changeshenyang estimages
目录 0 2017-10-19 11:19 retina-unet-master-changeshenyang estimages1
目录 0 2017-10-19 11:19 retina-unet-master-changeshenyang estmask
............此处省略16个文件信息
#==========================================================
#
# This prepare the hdf5 datasets of the DRIVE database
#
#============================================================
import os
import h5py
import numpy as np
from PIL import Image
def write_hdf5(arroutfile):
with h5py.File(outfile“w“) as f:
f.create_dataset(“image“ data=arr dtype=arr.dtype)
#------------Path of the images --------------------------------------------------------------
#train
#original_imgs_train = “./DRIVE/training/images/“
#groundTruth_imgs_train = “./DRIVE/training/1st_manual/“
#borderMasks_imgs_train = “./DRIVE/training/mask/“
#test
data_dir_name=‘shenyang‘
base_dir = ‘/home/cmcc/share-data-220/u_net/retina-unet-master-zsy/‘
original_imgs_test = base_dir+data_dir_name+“/test/images/0/“
#groundTruth_imgs_test = “./DRIVE/test/1st_manual/“
borderMasks_imgs_test = base_dir+data_dir_name+“/test/mask/0/“
#---------------------------------------------------------------------------------------------
Nimgs = 20
channels = 3
height = 584
width = 565
dataset_path =base_dir+data_dir_name+“_datasets_training_testing/0/“
def get_datasets(imgs_dirborderMasks_dirtrain_test=“null“):
#def get_datasets(imgs_dirgroundTruth_dirborderMasks_dirtrain_test=“null“):
imgs = np.empty((Nimgsheightwidthchannels))
#groundTruth = np.empty((Nimgsheightwidth))
border_masks = np.empty((Nimgsheightwidth))
for path subdirs files in os.walk(imgs_dir): #list all files directories in the path
for i in range(len(files)):
#original
print “original image: “ +files[i]
img = Image.open(imgs_dir+files[i])
imgs[i] = np.asarray(img)
#corresponding ground truth
#groundTruth_name = files[i][0:2] + “_manual1.gif“
#groundTruth_name = files[i][:-4] + “_manual1.gif“#zsychange
#print “ground truth name: “ + groundTruth_name
#g_truth = Image.open(groundTruth_dir + groundTruth_name)
#groundTruth[i] = np.asarray(g_truth)
#corresponding border masks
border_masks_name = ““
if train_test==“train“:
#border_masks_name = files[i][0:2] + “_training_mask.gif“
border_masks_name = files[i][:-4] + “_training_mask.gif“
elif train_test==“test“:
#border_masks_name = files[i][0:2] + “_test_mask.gif“
border_masks_name = files[i][:-4] + “_test_mask.gif“
else:
print “specify if train or test!!“
exit()
print “border masks name: “ + border_masks_name
b_mask = Image.open(borderMasks_dir + border_masks_name)
border_masks[i] = np.asarray(b_mask)
print “imgs max: “ +str(np.max(imgs))
print “imgs min: “ +str(np.min(imgs))
#assert(np.max(groundTruth)==255 and np.max(border_masks)==255)
#assert(np.min(groundTruth)==0 and np.min(border_masks)==0)
print “ground truth
属性 大小 日期 时间 名称
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文件 50 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change.gitignore
文件 56770 2017-10-13 17:54 retina-unet-master-changelib1013.docx
文件 18884 2017-10-13 15:58 retina-unet-master-changelibextract_patches.py
文件 3344 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-changelibhelp_functions.py
文件 3479 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-changelibpre_processing.py
文件 16147 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-changeReadme.md
文件 729790 2017-10-01 02:21 retina-unet-master-changeshenyang estoridata 1.jpg
文件 729790 2017-10-01 02:21 retina-unet-master-changeshenyang estoridata1 1.jpg
文件 4588 2017-10-13 14:50 retina-unet-master-changeshenyang estzsy_prepare_datasets_shenyang_0.py
文件 4588 2017-10-13 14:55 retina-unet-master-changeshenyang estzsy_prepare_datasets_shenyang_1.py
文件 2385 2017-10-13 14:17 retina-unet-master-changeshenyang estzsy_resize_0.py
文件 2384 2017-10-13 14:17 retina-unet-master-changeshenyang estzsy_resize_1.py
文件 11109 2017-10-13 17:14 retina-unet-master-changesrc
etinaNN_predict.py
文件 8958 2017-10-13 15:02 retina-unet-master-changesrc
etinaNN_training.py
文件 379000 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-changeSTARE_resultsim0139.png
文件 329 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change estperformances.txt
文件 8220 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_architecture.json
文件 1918968 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_best_weights.h5
文件 1336 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_configuration.txt
文件 1918968 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_last_weights.h5
文件 102731 2017-08-24 03:39 retina-unet-master-change est est_model.png
文件 1375 2017-10-13 17:48 retina-unet-master-changezsy_configuration.txt
文件 4588 2017-10-13 14:50 retina-unet-master-changezsy_prepare_datasets_shenyang_0.py
文件 4588 2017-10-13 14:55 retina-unet-master-changezsy_prepare_datasets_shenyang_1.py
文件 2385 2017-10-13 14:17 retina-unet-master-changezsy_resize_0.py
文件 2384 2017-10-13 14:17 retina-unet-master-changezsy_resize_1.py
文件 1263 2017-10-13 15:13 retina-unet-master-changezsy_run_testing.py
目录 0 2017-10-19 11:19 retina-unet-master-changeshenyang estimages
目录 0 2017-10-19 11:19 retina-unet-master-changeshenyang estimages1
目录 0 2017-10-19 11:19 retina-unet-master-changeshenyang estmask
............此处省略16个文件信息
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