BWT的完整算法,包括SA,Occ等数组的建立。用于在基因链中快速匹配基因。
代码片段和文件信息
属性 大小 日期 时间 名称
----------- --------- ---------- ----- ----
目录 0 2014-05-10 05:41 BWT
文件 4542697 2014-05-04 23:17 BWTOcc.txt
文件 1354139 2014-05-04 23:17 BWTSimpleSA.txt
文件 6924 2014-05-09 11:39 BWTHeader.h
文件 220273 2014-05-10 05:40 BWT
esult.txt
文件 228 2014-05-10 05:40 BWTBWT.depend
文件 1138 2014-04-17 03:52 BWTBWT.cbp
文件 5009545 2013-03-08 16:06 BWTNC_008253.fna
文件 1206 2014-05-10 05:35 BWTmain.cpp
文件 636 2014-05-10 05:41 BWTBWT.layout
文件 1043421 2014-05-09 03:02 BWTR2.fq
文件 4938921 2014-05-04 23:17 BWTBWT.txt
文件 1043421 2014-05-09 03:02 BWTR1.fq
目录 0 2014-04-17 03:48 BWTin
目录 0 2014-04-17 03:48 BWTobj
目录 0 2014-05-10 05:35 BWTinDebug
文件 987885 2014-05-10 05:35 BWTinDebugBWT.exe
目录 0 2014-05-10 05:35 BWTobjDebug
文件 42802 2014-05-10 05:35 BWTobjDebugmain.o
#include “Header.h“
clock_t t1 t2;
int main()
{
Suffix_Arr SA;
if(SA.read()==0)
{
cout<<“Creating Please wait !“< SA.Init_SA();
SA.Create_SA();
SA.Get_SA();
SA.Get_BWT();
SA.Get_Num();
SA.Get_SISA();
SA.Print();
}
cout<<“Successful!“< char sp[200]tmp[200]cp[200];
char fsp[200]fcp[200];
ifstream test(“R2.fq“);
t1=clock();
while( test>>tmp)
{
test>>sp;
test>>tmp;
test>>tmp;
int nn=strlen(sp);
for(int i=0;i {
if(sp[i]==‘A‘)
cp[i]=‘T‘;
else if(sp[i]==‘C‘)
cp[i]=‘G‘;
else if(sp[i]==‘G‘)
cp[i]=‘C‘;
else if(sp[i]==‘T‘)
cp[i]=‘A‘;
}
for(int i=0;i {
//fsp[nn-1-i]=sp[i];
fcp[nn-1-i]=cp[i];
}
SA.Search(sp);
//SA.Search(cp);
//SA.Search(fsp);
SA.Search(fcp);
result< }
test.close();
t2=clock();
cout<<(double)(t2-t1)/CLOCKS_PER_SEC< return 0;
}
属性 大小 日期 时间 名称
----------- --------- ---------- ----- ----
目录 0 2014-05-10 05:41 BWT
文件 4542697 2014-05-04 23:17 BWTOcc.txt
文件 1354139 2014-05-04 23:17 BWTSimpleSA.txt
文件 6924 2014-05-09 11:39 BWTHeader.h
文件 220273 2014-05-10 05:40 BWT
esult.txt
文件 228 2014-05-10 05:40 BWTBWT.depend
文件 1138 2014-04-17 03:52 BWTBWT.cbp
文件 5009545 2013-03-08 16:06 BWTNC_008253.fna
文件 1206 2014-05-10 05:35 BWTmain.cpp
文件 636 2014-05-10 05:41 BWTBWT.layout
文件 1043421 2014-05-09 03:02 BWTR2.fq
文件 4938921 2014-05-04 23:17 BWTBWT.txt
文件 1043421 2014-05-09 03:02 BWTR1.fq
目录 0 2014-04-17 03:48 BWTin
目录 0 2014-04-17 03:48 BWTobj
目录 0 2014-05-10 05:35 BWTinDebug
文件 987885 2014-05-10 05:35 BWTinDebugBWT.exe
目录 0 2014-05-10 05:35 BWTobjDebug
文件 42802 2014-05-10 05:35 BWTobjDebugmain.o
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容, 请发送邮件举报,一经查实,本站将立刻删除。
评论列表(条)