肺结节识别采用CNN

import cPickle
import logging
import os
import xml.etree.ElementTree as etree
import numpy as np

from nodule_structs import RadAnnotation SmallNodule NormalNodule 
    NoduleRoi NonNodule AnnotationHeader

NS = {‘nih‘: ‘http://www.nih.gov‘}


def find_all_files（root suffix=None）:
    res = []
    for root _ files in os.walk（root）:
        for f in files:
            if suffix is not None and not f.endswith（suffix）:
                continue
            res.append（os.path.join（root f））
    return res


def parse_dir（dirname outdir flatten=True pickle=True）:
    assert os.path.isdir（dirname）

    if not flatten:
        return parse_original_xmls（dirname outdir pickle）

    pickle_file = os.path.join（outdir ‘annotation_flatten.pkl‘）
    if os.path.isfile（pickle_file）:
        logging.info（“Loading annotations from file %s“ % pickle_file）
        with open（pickle_file ‘r‘） as f:
            annotations = cPickle.load（f）
        logging.info（“Load annotations complete“）
        return annotations
    annotations = parse_original_xmls（dirname outdir pickle）
    annotations = flatten_annotation（annotations）
    if pickle:
        logging.info（“Saving annotations to file %s“ % pickle_file）
        with open（pickle_file ‘w‘） as f:
            cPickle.dump（annotations f）
    return annotations


def parse_original_xmls（dirname outdir pickle=True）:
    pickle_file = pickle and os.path.join（outdir ‘annotation.pkl‘） or None
    if pickle and os.path.isfile（pickle_file）:
        logging.info（“Loading annotations from file %s“ % pickle_file）
        with open（pickle_file ‘r‘） as f:
            annotations = cPickle.load（f）
        logging.info（“Load annotations complete“）
    else:
        logging.info（“Reading annotations“）
        annotations = []
        xml_files = find_all_files（dirname ‘.xml‘）
        for f in xml_files:
            annotations.append（parse（f））
    if pickle and not os.path.isfile（pickle_file）:
        logging.info（“Saving annotations to file %s“ % pickle_file）
        with open（pickle_file ‘w‘） as f:
            cPickle.dump（annotations f）
    return annotations


def parse（xml_filename）:
    logging.info（“Parsing %s“ % xml_filename）
    annotations = []
    # ET is the library we use to parse xml data
    tree = etree.parse（xml_filename）
    root = tree.getroot（）
    # header = parse_header（root）
    # readingSession-> holds radiologist‘s annotation info
    for read_session in root.findall（‘nih:readingSession‘ NS）:
        # to hold each radiologists annotation
        # i.e. readingSession in xml file
        rad_annotation = RadAnnotation（）
        rad_annotation.version = 
            read_session.find（‘nih:annotationVersion‘ NS）.text
        rad_annotation.id = 
            read_session.find（‘nih:servicingRadiologistID‘ NS）.text

        # nodules
        nodule_nodes = read_session.findall（‘nih:unblindedReadNodule‘ NS）
        for node in nodule_nodes:
            nodule = parse_nodule（node）
    

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     目录           0  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-master
     目录           0  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTM
     文件        5476  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMREADME.md
     文件        7300  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTManalysis_results.py
     文件        2634  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMconvert_txt2json.py
     目录           0  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdata
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     目录           0  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdatalung_datalung_data
     文件          83  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdatalung_datalung_data说明.txt
     文件      363612  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdatalung_datalung_test.json
     文件     2087919  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdatalung_datalung_train.json
     文件      253428  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdatalung_datalung_val.json
     文件      363612  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdatalung_data est.json
     文件        1089  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdatalung_data est_small.json
     文件         837  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdownload_data.sh
     文件      255393  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMdump.txt
     文件     2244434  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMevaluate.ipynb
     文件    10961947  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMevaluate.ipynb.bak
     文件        5414  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMevaluate.py
     文件        4840  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMevaluate.py.bak
     目录           0  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMhypes
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     文件        1301  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMhypeslstm_resnet_rezoom.json
     文件        1397  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMhypeslstm_resnet_rezoom_lung.json
     文件        1274  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMhypeslstm_rezoom.json
     文件        1261  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMhypeslstm_rezoom_lung.json
     文件        1201  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMhypesoverfeat.json
     文件        1302  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMhypesoverfeat_resnet_rezoom.json
     文件        1275  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMhypesoverfeat_rezoom.json
     文件     1111673  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMlung_test.txt
     文件     7519454  2019-02-18 06:57  lidc_nodule_detection-masterCNN_LSTMlung_train.txt
............此处省略127个文件信息