Nifti程序包用于写入读取和处理医学影像适用于MATLAB

%  Using 2D or 3D affine matrix to rotate translate scale reflect and
%  shear a 2D image or 3D volume. 2D image is represented by a 2D matrix
%  3D volume is represented by a 3D matrix and data type can be real 
%  integer or floating-point.
%
%  You may notice that MATLAB has a function called ‘imtransform.m‘ for
%  2D spatial transformation. However keep in mind that ‘imtransform.m‘
%  assumes y for the 1st dimension and x for the 2nd dimension. They are
%  equivalent otherwise.
%
%  In addition if you adjust the ‘new_elem_size‘ parameter this ‘affine.m‘
%  is equivalent to ‘interp2.m‘ for 2D image and equivalent to ‘interp3.m‘
%  for 3D volume.
%
%  Usage: [new_img new_M] = ...
%	affine（old_img old_M [new_elem_size] [verbose] [bg] [method]）;
%
%  old_img  -	original 2D image or 3D volume. We assume x for the 1st
%		dimension y for the 2nd dimension and z for the 3rd
%		dimension.
%
%  old_M  -	a 3x3 2D affine matrix for 2D image or a 4x4 3D affine
%		matrix for 3D volume. We assume x for the 1st dimension
%		y for the 2nd dimension and z for the 3rd dimension.
%
%  new_elem_size （optional）  -  size of voxel along x y z direction for 
%		a transformed 3D volume or size of pixel along x y for
%		a transformed 2D image. We assume x for the 1st dimension
%		y for the 2nd dimension and z for the 3rd dimension.
%		‘new_elem_size‘ is 1 if it is default or empty.
%
%		You can increase its value to decrease the resampling rate
%		and make the 2D image or 3D volume more coarse. It works
%		just like ‘interp3‘.
%
%  verbose （optional） - 1 0
%		1:  show transforming progress in percentage
%		2:  progress will not be displayed
%		‘verbose‘ is 1 if it is default or empty.
%
%  bg （optional）  -	background voxel intensity in any extra corner that
%		is caused by the interpolation. 0 in most cases. If it is
%		default or empty ‘bg‘ will be the average of two corner
%		voxel intensities in original data.
%
%  method （optional）  -	1 2 or 3
%		1:  for Trilinear interpolation
%		2:  for Nearest Neighbor interpolation
%		3:  for Fischer‘s Bresenham interpolation
%		‘method‘ is 1 if it is default or empty.
%
%  new_img  -	transformed 2D image or 3D volume
%
%  new_M  -	transformed affine matrix
%
%  Example 1 （3D rotation）:
%	load mri.mat;   old_img = double（squeeze（D））;
%	old_M = [0.88 0.5 3 -90; -0.5 0.88 3 -126; 0 0 2 -72; 0 0 0 1];
%	new_img = affine（old_img old_M 2）;
%	[x y z] = meshgrid（1:1281:1281:27）;
%	sz = size（new_img）;
%	[x1 y1 z1] = meshgrid（1:sz（2）1:sz（1）1:sz（3））;
%	figure; slice（x y z old_img 64 64 13.5）;
%	shading flat; colormap（map）; view（-66 66）;
%	figure; slice（x1 y1 z1 new_img sz（1）/2 sz（2）/2 sz（3）/2）;
%	shading flat; colormap（map）; view（-66 66）;
%
%  Example 2 （2D interpolation）:
%	load mri.mat;   old_img=D（::113）‘;
%	old_M = [1 0 0; 0 1 0; 0 0 1];
%	new_img = affine（old_img old_M [.2 .4]）;
%	figure; image（old_img）; colorma

 属性            大小     日期    时间   名称
----------- ---------  ---------- -----  ----
     文件   268435456  2015-09-07 18:01  NIfTI_20140122 est
CT_SALINE_185_20150814_131414_1_IMG.img
     目录           0  2015-09-07 23:22  NIfTI_20140122
     文件      206445  2014-01-23 06:26  NIfTI_20140122FAQ.pdf
     文件       61950  2014-01-23 06:26  NIfTI_20140122NIfTI_tools.pdf
     文件       91343  2014-01-23 06:25  NIfTI_20140122UseANALYZE.pdf
     文件       16664  2008-10-24 02:22  NIfTI_20140122affine.m
     文件        2239  2005-05-12 02:27  NIfTI_20140122ipolar.m
     文件        4682  2008-08-22 03:40  NIfTI_20140122resenham_line3d.m
     文件        3421  2012-10-13 04:35  NIfTI_20140122clip_nii.m
     文件        7038  2013-03-07 06:14  NIfTI_20140122collapse_nii_scan.m
     文件        4513  2015-09-07 18:00  NIfTI_20140122create_hdr.m
     文件   268435808  2015-09-07 17:58  NIfTI_20140122ct.nii
     文件        3929  2011-02-16 08:19  NIfTI_20140122examples.txt
     文件        1381  2013-03-07 06:14  NIfTI_20140122expand_nii_scan.m
     文件        8085  2005-08-15 03:58  NIfTI_20140122extra_nii_hdr.m
     文件        3568  2009-07-04 03:55  NIfTI_20140122flip_lr.m
     文件        4497  2013-03-07 06:14  NIfTI_20140122get_nii_frame.m
     文件    11291540  2015-09-07 18:01  NIfTI_20140122img.mat
     文件        1310  2014-02-12 14:45  NIfTI_20140122license.txt
     文件        7006  2013-03-07 06:16  NIfTI_20140122load_nii.m
     文件        5544  2013-03-07 06:14  NIfTI_20140122load_nii_ext.m
     文件       10311  2012-10-13 04:34  NIfTI_20140122load_nii_hdr.m
     文件       12720  2011-06-09 23:03  NIfTI_20140122load_nii_img.m
     文件        8293  2008-10-24 03:13  NIfTI_20140122load_untouch0_nii_hdr.m
     文件        7255  2013-03-07 06:15  NIfTI_20140122load_untouch_header_only.m
     文件        6373  2013-03-07 06:15  NIfTI_20140122load_untouch_nii.m
     文件        8739  2008-10-24 03:15  NIfTI_20140122load_untouch_nii_hdr.m
     文件       15224  2011-06-09 23:03  NIfTI_20140122load_untouch_nii_img.m
     文件        5665  2011-06-10 23:57  NIfTI_20140122make_ana.m
     文件        7105  2011-09-01 22:36  NIfTI_20140122make_nii.m
     文件        2691  2008-07-07 22:15  NIfTI_20140122mat_into_hdr.m
............此处省略72个文件信息